香港大学取代去年的香港科技大学位列第四名，北京大学排在第五，比去年进步了两名，排在第六到十名的分别是香港中文大学、香港科技大学、交通大学(新竹)、浙江大学和中国科学技术大学。大陆地区、台湾和香港的高水平大学呈现出齐头并进、各具特色的发展局面。2013年两岸四地排名百强大学的地区分布为：大陆地区64所，台湾27所，香港7所，澳门两所。
                                                                     2013两岸四地百强大学

1	清华大学（北京）	大陆	100
2	台湾大学	台湾	97.5
3	清华大学（新竹）	台湾	91.5
4	香港大学	香港	82.7
5	北京大学	大陆	78.8
6	香港中文大学	香港	78.2
7	香港科技大学	香港	75.2
8	交通大学（新竹）	台湾	68.4
9	浙江大学	大陆	67.8
10	中国科学技术大学	大陆	64.3
11	复旦大学	大陆	63.3
12	上海交通大学	大陆	61.4
13	香港理工大学	香港	59.3
14	阳明大学	台湾	59
15	香港城市大学	香港	56
16	成功大学	台湾	53
17	南京大学	大陆	52.9
18	中央大学	台湾	50.3
19	南开大学	大陆	46.9
20	北京师范大学	大陆	46.1
21	台湾科技大学	台湾	45.3
22	中山大学（高雄）	台湾	44.8
23	华中科技大学	大陆	44.3
24	中国农业大学	大陆	43.9
25	北京航空航天大学	大陆	42.8
25	中山大学（广州）	大陆	42.8
25	吉林大学	大陆	42.8
28	武汉大学	大陆	41.6
29	长庚大学	台湾	39.3
30	西安交通大学	大陆	39.1
30	中国人民大学	大陆	39.1
32	香港浸会大学	香港	38.9
33	哈尔滨工业大学	大陆	38.7
34	东南大学	大陆	38
35	厦门大学	大陆	37.5
36	天津大学	大陆	37.3
36	同济大学	大陆	37.3
38	中兴大学	台湾	37.1
39	四川大学	大陆	36.5
40	大连理工大学	大陆	35.9
41	北京理工大学	大陆	35.8
42	华东师范大学	大陆	34.2
43	山东大学	大陆	33.5
44	中南大学	大陆	33.3
45	中正大学	台湾	33.1
46	华南理工大学	大陆	32.5
47	台湾师范大学	台湾	31.6
48	北京科技大学	大陆	30.8
49	中国医药大学	台湾	30.6
50	台北医学大学	台湾	30.1
51	中国石油大学（北京）	大陆	29.8
51	中国地质大学（北京）	大陆	29.8
53	华东理工大学	大陆	29.5
54	高雄医学大学	台湾	28.5
55	台北科技大学	台湾	28.4
56	云林科技大学	台湾	28.1
57	中原大学	台湾	28
58	中国海洋大学	大陆	27.9
59	高雄师范大学	台湾	27.7
60	重庆大学	大陆	27.4
60	北京交通大学	大陆	27.4
62	澳门大学	澳门	27.2
62	天津医科大学	大陆	27.2
64	台湾海洋大学	台湾	26.6
65	北京邮电大学	大陆	26.5
66	电子科技大学	大陆	26.2
67	东北师范大学	大陆	26.1
68	北京工业大学	大陆	25.8
68	南京航空航天大学	大陆	25.8
70	元智大学	台湾	25.7
71	彰化师范大学	台湾	25.6
72	政治大学	台湾	25.4
72	澳门科技大学	澳门	25.4
74	南京理工大学	大陆	25.3
75	北京中医药大学	大陆	25.1
76	东北大学	大陆	25
77	南京农业大学	大陆	24.9
77	哈尔滨工程大学	大陆	24.9
77	上海财经大学	大陆	24.9
80	东华大学（花莲）	台湾	24.5
81	暨南大学	大陆	24.4
82	东华大学（上海）	大陆	24.2
82	湖南大学	大陆	24.2
84	岭南大学	香港	23.9
85	北京化工大学	大陆	23.8
85	南京师范大学	大陆	23.8
87	云南大学	大陆	23.6
88	苏州大学	大陆	23.2
88	上海大学	大陆	23.2
90	中国地质大学（武汉）	大陆	23.1
91	华中师范大学	大陆	23.1
92	中国政法大学	大陆	23
93	中山医学大学	台湾	22.7
94	高雄第一科技大学	台湾	21.7
95	西北农林科技大学	大陆	21.3
96	北京林业大学	大陆	21.1
97	中央财经大学	大陆	20.8
98	对外经济贸易大学	大陆	20.4
99	上海外国语大学	大陆	20.3
100	淡江大学	台湾	20.2

　　大陆和台湾的大学研究生教育发展迅速，在“研究生比例”、“博士学位授予”指标上表现突出，8所研究生比例超过50%的高校中大陆有6所，台湾有两所，5所每年授予博士学位在1000个以上的高校全部是大陆高校。香港和澳门的高校吸引了包括大陆和台湾学生在内的来自世界各地的学生，排名中“留学生比例”最高的9所大学全部是港澳大学，其中6所大学的留学生比例超过20%。相比香港和台湾的大学，大陆高校欠缺有影响力的国际学术大师，“高被引科学家”数最多的10所大学中港台地区的占9所。“博士学位教师比例”是反映大学师资队伍整体质量的重要指标，该指标的前9名均为台湾高校，且比例均在90%以上，其他参加排名的港台大学的博士学位教师比例也大多在80%以上，大陆地区只有北京师范大学一所学校的博士学位教师比例超过80%。

在科学研究方面，大陆高校整体实力雄厚，而港台高校师均表现更好。从“顶尖论文”总数来看，前三名分别是清华大学(北京)、北京大学和香港大学，前十名中大陆大学有8所。但是，师均“顶尖论文”最多的前3所大学分别是香港大学、阳明大学和香港科技大学，前十名中大陆高校只有4所。年度发表“国际论文”最多的是大陆的北京大学，前十名中大陆高校有8所。但是师均发表“国际论文”的前十名大学中，大陆高校只有1所，其它9所全部是港台高校。从“科研经费”总量来看，清华大学(北京)以38亿人民币的数额领先于其他高校，前十名中大陆高校共8所。师均“科研经费”最高的是香港大学，前十名中大陆高校共有4所。

　　“办学经费”总量前十名中大陆地区的大学有6所，其中清华大学(北京)办学经费达79亿人民币，排在第一。北京大学、浙江大学、上海交通大学的总办学经费已经超过去年排名第二的香港大学，占据第二至四名的位置，“办学经费”总量前十名中大陆高校有6所。从生均“办学经费”来看，香港高校仍具有较为明显的优势，有7所进入前十名，但相比去年大多数香港高校的生均“办学经费”都有一定程度的缩减。

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